CO2培養箱的內部與環境完全隔jue，以確保設備內部的空氣不受外界因素的影響。為了使實驗室技術人員能夠在生長階段仍能夠觀察樣品，大多數二氧化碳培養箱都配備了玻璃門以及常規門，該門提供了額外的防污染保護。
 
內部由防銹材料制成，如不銹鋼，并且應盡可能少的尖銳邊緣和凹槽，以避免污染可能隱藏的地方。特別是在細胞培養的敏感*域，只有一種細菌會破壞數周的工作。
 
進入的空氣流過無菌過濾器，必須均勻分布在整個內部，因為樣品通常位于不同高度的貨架上。挑戰在于通過整個內部產生的均勻性，以確保CO2的均勻供給在恒定的氣候和濕度條件下的所有樣本。